En una revisión de 2016 se concluyó que, pese al volumen de investigación realizada en este terreno, las asociaciones encontradas entre las variaciones genéticas y los distintos subtipos del SII son pocas o ninguna, y la mayoría no han sido replicadas en estudios posteriores. Hasta ahora, sólo se ha encontrado un defecto genético claro en un 2,2% de pacientes, asociado al gen SCN5A, que codifica los canales de sodio dependientes de voltaje tipo 1.5 (NaV1.5).

Sin embargo, pese a ser un terreno todavía muy verde, hay algunos estudios que son cuanto menos interesantes, y puede valer la pena darles una lectura. En las siguientes líneas veremos algunos, pero es importante recordar lo dicho en el primer párrafo, a día de hoy estos hallazgos son muy preliminares. 

En un estudio de 2012 se encontró que el polimorfismo genético «val158met», por el cual el nucleótido metionina sustituye a la valina en el codón 158 del gen que codifica la enzima catecol-O-metiltransferasa (enzima que cataboliza la dopamina, y que se asocia a procesos como el aprendizaje, la memoria, la recompensa y el dolor), se asociaba con la respuesta al placebo en pacientes con SII. En este polimorfismo, los cambios en el gen producen dos copias del alelo metionina (met), dos copias del alelo valina (val), o una copia de cada uno. En el estudio se observó que la respuesta al placebo era mayor cuantos más alelos de metionina tenían los pacientes, con las mayores correlaciones en los pacientes met/met.

Otro estudio, de 2014 y realizado en niños, encontró que las variaciones en el gen NPSR1, que codifica los receptores del neuropéptido S (NPS), parecían influir en la predisposición a desarrollar dolor abdominal recurrente en estos niños. Las alteraciones del genNPSR1 se han vinculado con enfermedades inflamatorias crónicas y asma, pero este gen también se ha asociado con aspectos como la actividad inmunitaria de las mucosas, la secreción de otros neuropéptidos y hormonas intestinales, la percepción del dolor, y la función sensorial y motora del intestino.  3 años después (2017), el mismo equipo de investigación encontró una asociación entre el SII y el gen TRPM8, que codifica al receptor de potencial transitorio (en alteraciones neurológicas hablamos de ellos), de tipo TRPM8, que en seres humanos regula la somatosensación de frío (se le llama «receptor de frío y mentol 1»). Los polimorfismos del gen TRPM8 se asociaban a los subtipos de SII que presentan estreñimiento (SII-E, SII-M). En un estudio posterior, esta vez colaborando con expertos en SII de todo el mundo (2018), encontraron que las mutaciones en los genes que codifican las enzimas sucrosa-isomaltasa eran más comunes en pacientes con SII que en población general, sugiriendo que formas leves de esta mutación podrían ser el verdadero problema de algunos subgrupos de pacientes actualmente diagnosticados como SII (o al menos, un problema comórbido).

En un estudio piloto de 2016 se investigó la expresión genética en la mucosa del intestino delgado de pacientes SII-D frente a controles sanos. Aunque la muestra fue muy pequeña (15 pacientes y 7 controles), se estudiaron más de 90 genes, encontrando que los genes regulados al alza estaban relacionados con el transporte iónico (INADL, MAGI1, y SONS1), la barrera intestinal (TJP1, 2, 3 y CLDN), la función inmune (TLR3, IL15, y MAPKAPK5), o el metabolismo de histamina (HNMT), y que los genes regulados a la baja estaban relacionados con la función inmune (IL-1β, TGF-β1, y CCL20) o con la detección de antígenos (TLR1 y 8).

En otro estudio más reciente, de 2018, se descubrió que las alteraciones en el cromosoma 9q31.2 (en una región anteriormente relacionada con la edad de la primera menstruación) predicen el riesgo de desarrollar SII, especialmente SII-E, pero sólo en mujeres. Este hallazgo podría ser una pista para la mayor prevalencia de este síndrome en el sexo femenino.

En 2021, un estudio que incluyó a medio millón de participantes, y a 50.000 pacientes que cumplían criterios de Roma III para el SII, encontró 6 locus (posiciones fijas de un cromosoma que determinan la localización de un gen) asociados al SII. Los genes implicados incluían NCAM1, CADM2, PHPF2/FAM120A, DOCK9, CKAP2/TPTE2P3 y BAG6. Los 4 primeros están relacionados con trastornos afectivos o de ansiedad, y este estudio encontró una elevada correlación entre el riesgo de sufrir SII y el de sufrir ansiedad, neuroticismo o depresión. Sin embargo, análisis posteriores demostraron que es probable que esto no se deba a un empeoramiento de los síntomas por causas emocionales, sino a que, en un subgrupo de pacientes, los problemas emocionales y el SII podrían estar controlados por genes similares (por ejemplo, genes que hacen que el sistema nervioso en su conjunto sea más sensible de lo normal), y alteraciones en estos genes podrían llevar a desarrollar ambas condiciones, sin que una tenga que influir en la otra necesariamente. Esta hipótesis ya se lleva manejando desde hace años para trastornos como la fibromialgia. En SII, un estudio de comorbilidad de 2018 ya demostró que las alteraciones afectivas no tenían por qué preceder ni suceder al SII, y se apuntaba a la idea de un tercer factor (posiblemente genético), provocando ambas condiciones. Este estudio parece ser el primero en confirmar los genes subyacentes.