En este apartado, primero hablaremos sobre los trastornos funcionales digestivos (3.1), prestando especial atención al Síndrome del Intestino Irritable, y, en menor medida, a la dispepsia funcional. Luego hablaremos del SIBO (3.2), una condición a la que hace algunos años se le presuponía (erróneamente) un rol causal en muchos casos de SII, y que a día de hoy sigue suscitando debate. Por último, citaremos por encima algunas condiciones que con frecuencia acompañan a los cuadros funcionales aquí tratados y a las intolerancias, o que pueden confundirse con éstos (3.3).