Pues tu médico debiera haberse molestado en darte unas mínimas pautas alimentarias para sobrellevar el SII, si realmente lo tienes (no se puede diagnosticar a "ojímetro" sólo porque tengas retención de heces por un extreñimiento puntual O_O, en todo caso se hace un tránsito con bario para ver si normalmente las acumulas o qué y se descartan primero el resto de cosas). El reflujo no tiene porqué tener nada que ver con el SII, pueden ser perfectamente independientes. Por eso te dijo que sería bueno que te mirasen mejor, a veces por ejemplo el ardor proviene de una hernia de hiato (que sólo se ve en gastroscopia) o de alguna bacteria que ha proliferado en exceso (como la helicobacter pylory, que también causa reflujo, ardor y cólico).
En la analítica en la que "todo salió bien", ¿te hicieron marcadores de inflamación? Los encontrarás como PCR (proteína C reactiva) y Velocidad de Sedimentación en Sangre. Si por ejemplo tuvieses una gastritis (que te puede provocar ardores y reflujo), es probable que tuvieses aumentados estos valores.
Échale un ojo al foro para ver temas de dieta, pero lo primero sería eliminar la lactosa (la leche, vaya, los yogures no porque su lactosa ha fermentado en ácido láctico, y el queso a más curado, menos lactosa), empezar a vigilar como te sientan las legumbres (su pellejo es difícil de digerir y nos causa problemas), hacer comidas con pocos ingredientes para ver si alguno te sienta especialmente mal (por ejemplo la cebolla es muy irritante, también hay verduras muy fibrosas e indigestas como la coliflor o la acelga), y a partir de ahí ir pudiendo delimitar un poco más lo que te pasa.
Consejos específicos para el reflujo, me supongo te habrán dicho: ni bebidas carbonatadas, cuidao con el alcohol, café-te-chocolate, vigilar los cítricos que tal te sientan (el zumo de naranja por ejemplo ¿te da ardores?) y sobre todo no acostarse nunca hasta que no hayan pasado 3 horas de la última comida, proque al ponerte en horizontal los ácidos de tu estómago suben hacia la boca. Puedes subir un poco el cabecero de la cama con un libro y así también te ahorras las acideces.
Y sí, igual te venía bien ir a un doctor, pero no al mismo al que fuiste la primera vez
Por ejemplo la Helicobacter que te comento provoca esos síntomas de cefaleas, cólicos y ardor, así que no estaría de más descartarla (hay prueba en sangre, y prueba de hidrógeno expirado en aliento, aparte de la gastroscopia con biopsia). También puede ser cualquier otra cosa, por ejemplo gases acumulados por un tránsito demasiado lento. En cuyo caso debieras introducir algo que te ayude con el tránsito como puede ser el Plantago Ovata, que vale tanto para diarrea como para extreñimiento, y con la regularización del tránsito desaparecen los gases. Un sobrecico por la noche ya te hace el efecto a la mañana siguiente.
Así que vete probando con las comidas y fijándote si tus dolores de por la tarde empeoran con una cosa o con otra, para ver si puedes encontrarles pautas.